Kemunculan kelompok masyarakat yang menjadi cikal bakal orang Cirukem ditengarai sudah ada sejak abad 14 M. ini ditandai dengan ditemukannya makam kuno Nyi Mas Gandasari/Nyi Mas Rangda Kasih dengan nisan berbentuk menhir yang biasa ditemukan pada zaman Megalitikum Pra Islam atau zaman Hidu atau Budha pada sekitar tahun 1400 an M. Artinya makam ini sudah ada sebelum kepemimpinan Ki Gedeng Luragung (Pemimpin Pusat Pemerintahan Luragung) dan Pangeran Arya Kamuning (Adipati Kuningan) pada saat itu. Desa Cirukem berjarak 12 KM dari Pusat Pemerintahan Kabupaten Kuningan dan 5 km dari Kantor Kecamatan Garawangi , merupakan desa Perbatasan dengan Kecamatan Ciniru di sebelah Selatan. Asal kata Cirukem yaitu dari nama sebuah pohon yaitu pohon Rukem yang tumbuh di makam seorang cikal bakal pemimpin padepokan yang Bernama Nyi Mas Gandasari atau disebut pula Nyi Mas Rangda Kasih yang terletak di RT 03 Dusun Manis Desa Cirukem. Diberi imbuhan Ci yang berarti Cai/Air dan Rukem dari nama pohon Rukem. Mengapa diambil nama tersebut mungkin karena Nyi Mas Gandasari ini seorang pemimpin/pemimpin pertama Padepokan Cirukem (founding Father) Desa Cirukem pada saat itu. Sampai akhirnya setelah adanya istilah KUWU sebagai pemimpin pemerintahan, sampai hari ini telah dipimpin oleh sebanyak 24 Kuwu/Kepala Desa. Dan kuwu PERTAMA yang dapat ditelusuri Namanya bernama KUWU BODAS yang memerintah sekitar tahun 1.800an. pemekaran desa terjadi pada tahun 1983 pada masa Pemerintahan desa yang dijabat oleh nama Kuwu Suhara (Kuwu ke 14), dan desa pamekarannya diberi nama Desa Kadatuan di sebelah Barat Desa Cirukem.

Kini desa Cirukem terdiri dari 3 Dusun yaitu Dusun Kliwon, Dusun Manis dan Dusun Cibunut. Serta 10 RT.DATA KEPALA DESA yg dapat ditelusuri sbb :

1. KUWU BODAS 1800 an

2. KUWU BEWU 1800 an

3. KUWU KAMSUDIN 1800 an

4. KUWU SARMAN 1800 an

5. KUWU SOLENG 1800 an

6. KUWU JUSA 1900 - 1913

7. KUWU NATA ARJA /KUWU BINTANG 1913 – 1919

8. KUWU MAKAD/SASTRA DIJAYA 1919 -1924

9. KUWU TARPAN/RAKSA DISASTRA 1924 – 1948

10. KUWU DULHAMID 1948 –

11. KUWU KANJUN RAKSA MANGGALA 1949 -1954

12. KUWU KANJUT KARTA SASMITA 1954 -1963

13. KUWU SUJAT 1963 – 1968

14. KUWU SUHARA 1968 – 1982

15. KUWU SAKUM ROSYIDI, BA 1984 – 1993

16. KUWU SUDJANA 1993 – 2009

17. KUWU WAWAN SUPMAR HADIWIDJAYA 2009 – 2016

18. SUPARDI USMAN 2015 - 2016

19. KUWU HIDAYAT 2016 - 2021

20. PLT SALEH, S.AP 2021

21. KUWU UDIN 2022 - 2023

22. PJ WAWAN SUPMAR HADIWIDJAYA 2023 - 2024

23. MOMON MA’MUN SIROJ, SE 2024

24. YUSUP BOHARI, S.AP 2025

*** Narasi Sejarah Singkat Desa Cirukem ini dikutif dari buku Sejarah Desa Cirukem yang merupakan karya luar biasa dari seorang putra desa yang bernama AAM AMALIYANTI, S.Pd., M.Pd. dengan judul buku “ SEJARAH DESA CIRUKEM SEBUAH PENELUSURAN” (Saleh, S.AP – Sekdes)